Inizierete il gioco equipaggiati dai classici binocolo e sigarette, in più avrete con voi una Beretta M9 modificata per sparare colpi narcotizzanti. Tanto per iniziare addormentate il soldato sul ponte superiore, mirando in soggettiva potrete farlo senza neanche fare un passo; ora, andando a destra, potrete recuperare una razione in fondo allo stesso ponte in cui si inizia, tornando indietro si sale sulla piccola piattaforma che risiede prima di quella in cui vi è presente un soldato che scruta da lontano con un binocolo, in questa piattaforma recuperiamo un set di granate chaff (utili poco più avanti). Tornando indietro, a sinistra rispetto al punto di partenza, troviamo un soldato, che si può mettere facilmente K.O., ed in fondo un'altra razione. Raccolti gli oggetti, ci iniziamo ad addentrare nella nave, cercando tra le porte a chiusura stagna, quella aperta (di solito è quella dove è presente il soldato con il binocolo, a difficoltà inferiori potrebbe cambiare, o anche possono essercene più d'una aperte). Una volta dentro, ricordiamoci che il nostro obiettivo è di sapere dove sta andando la nave, per cui dirigiamoci ai ponti superiori per arrivare al ponte di comando.

 

Girate a destra e scendete lungo il corridoio, entrate per la porta davanti a voi così da ritrovarvi in uno spogliatoio: aprite l'armadietto sul fondo e prenderete una razione assieme ai colpi per l'M9; uscite e continuate per il corridoio, badando alla ronda della guardia che pattuglia l'ultimo tratto. Come sempre, trovate una posizione favorevole e sfruttate il momento giusto per mettere K.O. la guardia. Proseguendo arriverete al Crew's Lounge. Scendete il corridoio seguente e usate le scale a sinistra, per poi procedere attraverso un'altra scalinata verso il fianco destro della nave.

 

In questa zona sono presenti due soldati, che pattugliano rispettivamente i corridoi nord e sud; prendendo il tempo possono essere narcotizzati all'istante, presi a pugni, addormentati con la presa (o anche uccisi con questa). una volta superato uno dei due, andate verso ovest e cercate le scale per il ponte superiore.

 

Qui troviamo una telecamera a pattugliare il corridoio, se in precedenza avete raccolto le granate chaff lanciatene una e sarete apposto, in caso contrario basta appiattirsi al muro e superare agevolmente la telecamera. Superata la telecamera, nell'armadietto vicino alle scale troverete altre chaff, prenderle non fa male, e ricordate che in caso siate stati scoperti, potrete nascondervi nell'armadietto, a patto che non siate in allerta e che nessuno vi abbia visto. In fondo al corridoio, nel condotto, c'è una razione.Procedete per le scale.

 

Qui ci sono diverse opzioni per superare gli ostacoli:

a est la strada è bloccata prima da una trappola esplosiva, e poi da un soldato che pattuglia la zona, a ovest, nella sala mensa, è presente un soldato ed una telecamera che pattuglia la porta per la cabina di comando, iniziamo dalla strada con la trappola. Per vedere i raggi basta prendere le sigarette (ricordate che fanno male oltre che alla salute nostra, anche a quella di snake), oppure sparare all'estintore. Per liberarci del soldato basta battere un colpo sul muro, attirando l'attenzione del soldato, e, in contemporanea al suo allontanamento (il giro che fa ci dà tutto il tempo necessario), strisciare sotto i raggi infrarossi, e sgattaiolare fino al nostro obiettivo, il ponte di comando. Per attraversare la zona mensa dovrete stendere la guardia, cosa semplice, e superare la telecamera. sembra uno scherzo ma non lo è; infatti dopo la porta ci sarà l'altra guardia, che in caso sia rivolta verso di voi, vi vedrà e darà l'allarme; basta prendere il tempo guardandone i movimenti sul radar, dopodichè lanciare una chaff per liberarci della telecamera e filare in fretta sulla rampa per il ponte di comando.

 

Dopo la chiacchierata con Otacon, Snake vedrà una figura nella pioggia, è sufficiente prendere la porta a ovest per uscire e iniziare la prima boss battle del gioco.