Anno 2005, Alaska, arcipelago delle isole Fox.

Alcuni membri dell’unità FOXHOUND disertano durante un’esercitazione a Shadow Moses, dando il via ad una rivolta armata. Sottoponendo a lavaggio di cervello i Soldati Genomici, unità delle forze speciali di prossima generazione, prendono il controllo dell’impianto di smaltimento di armi nucleari sull’isola. I terroristi si fanno chiamare Sons of Big Boss e sono comandati da Liquid Snake. Gli altri membri sono il soldato sensitivo Psycho Mantis, la tiratrice scelta Sniper Wolf, il maestro del travestimento Decoy Octopus, lo sciamano Vulcan Raven e il pistolero, nonché esperto di torture, Revolver Ocelot. Questi pretendono di avere entro ventiquattro ore il corpo di Big Boss, il soldato leggendario, e un miliardo di dollari, minacciando in caso contrario di lanciare un missile nucleare e di uccidere gli ostaggi, ovvero il direttore della DARPA, Donald Anderson, e il presidente della ArmsTech, Kenneth Baker, i quali si trovavano sul luogo per testare un nuovo tipo di arma. In risposta alla minaccia il governo decide di inviare in missione l’ex agente di FOXHOUND Solid Snake, la cui missione ha due obbiettivi: salvare i due ostaggi e scoprire se i terroristi possono davvero effettuare un lancio nucleare; in tal caso fermarli.

Snake, guidato dal Colonnello Roy Campbell e da un team di supporto composto dalla dottoressa Naomi Hunter, dall’esperta di comunicazioni Mei Ling, dall’ex addestratore McDonnell Miller e dall’esperta nucleare Nastasha Romanenko, riesce a infiltrarsi nella struttura di stoccaggio. Una volta all’interno, sfrutta i condotti di ventilazione per raggiungere la cella dove è tenuto prigioniero il direttore della DARPA. Egli rivela a Snake che sull’isola la DARPA e la ArmsTech stavano lavorando a un nuovo modello del carro armato bipede Metal Gear, nome in codice REX, il quale è ora in mano ai terroristi. Per attivare il Metal Gear servono due codici, uno in possesso del presidente Baker, l’altro del direttore. Purtroppo quest’ultimo rivela che Psycho Mantis è riuscito a leggergli la mente rubandogli così il codice. Anderson spiega però che esiste un modo per disattivare il Metal Gear, ma sono necessarie tre schede chiave che sono nelle mani di Baker, tenuto prigioniero nella struttura. Dopo aver dato tutte le informazioni a Snake, il direttore muore a causa di quello che sembra un infarto. La porta della cella si apre da sola e Snake ne approfitta per uscire, ma viene bloccato da una guardia che lo accusa di aver ucciso il direttore. La guardia si comporta in maniera strana: non sembra un nemico e non ha il coraggio di sparare. In quel momento arriva una squadra di soldati armati, ma Snake riesce a cavarsela con l’aiuto del compagno che dopo la sparatoria scappa verso l’ascensore. Snake nota che la guardia corre in maniera strana (sculettando). Improvvisamente Snake ha una strana visione: tre uomini discutono riguardo i codici di attivazione del Metal Gear, davanti a un corpo senza vita. L’uomo con la maschera propone un'idea, ma la visione termina. Quando le porte dell’ascensore si chiudono appare una strana figura fluttuante con una maschera sul volto. Naomi spiega che quel uomo altri non è che Psycho Mantis, il telepate di FOXHOUND.

Snake raggiunge Baker, ma l’ostaggio è bloccato con dei fili collegati ad esplosivi C4. All’improvviso appare il pistolero Revolver Ocelot che affronta Snake in duello. Alla fine il duello viene interrotto da una strana presenza invisibile che taglia la mano destra di Ocelot e anche i fili degli esplosivi, liberando così Baker. Ocelot scappa, ma avvisa Snake che si sarebbero incontrati nuovamente. La strana presenza nel frattempo si rivela essere un Cyborg Ninja armato di katana, il quale fugge in preda a quelle che sembrano urla di dolore, lasciando Snake stupefatto. Il presidente Baker informa Snake di aver rivelato il suo codice di attivazione ai terroristi mentre lo torturavano, nonostante fosse riuscito a resistere ai poteri di Mantis grazie a speciali innesti nel cervello che possedevano sia lui che il direttore della DARPA. Quest’ultimo aveva confessato a Snake che Mantis era riuscito a leggergli nella mente: cosa significa? In ogni caso, l’unica speranza di fermare il Metal Gear sono le schede chiave, ma Baker le ha consegnate alla nipote del Colonello Campbell, Meryl Silverburgh, la quale era stata inviata a Shadow Moses prima della rivolta dei terroristi. Snake capisce che la guardia incontrata in precedenza non è altri che Meryl. Baker spiega che se le schede non dovessero funzionare, dovrà distruggere il Metal Gear e l’unico in grado di aiutarlo in questo è l’ingegnere capo del progetto, Hal Emmerich, tenuto prigioniero da qualche parte nel deposito delle testate nucleari, a nord della rimessa dei carri. Snake riceve dal presidente un disco ottico che contiene tutti i dati sul Metal Gear, quando all’improvviso Baker muore per un infarto, esattamente come il direttore della DARPA.

Snake si mette in contatto con Meryl via codec. La ragazza spiega di essere rimasta sorpresa quando si sono visti la prima volta perché Snake assomiglia molto a Liquid, il capo dei terroristi. Spiega anche che la struttura per lo smantellamento delle testate nucleari è in realtà una base civile per lo sviluppo del Metal Gear REX. Con l’aiuto di Meryl, Snake riesce a uscire dalla rimessa dei carri e si dirige verso il deposito delle testate, ma lungo la via viene contattato via codec da uno sconosciuto. Questo personaggio misterioso si fa chiamare Gola Profonda e avverte della presenza di mine Claymore nascoste sotto la neve e anche di un carro armato in agguato. Dopo aver superato le mine, Snake inizia un combattimento col carro armato guidato dall’enorme sciamano Vulcan Raven. Snake sconfigge il nemico ed entra nel deposito delle testate; Raven è ancora vivo.

All’interno del deposito, Snake raggiunge il secondo piano interrato dove si trova lo studio del dottor Emmerich, ma prima di raggiungerlo trova lungo un corridoio una fila di corpi martoriati. Dentro lo studio del dottore c’è anche il Cyborg Ninja, il quale sembra conoscere molto bene Snake. Egli afferma di non essere nè un amico, nè un nemico e che il suo desidero più grande è soltanto un combattimento all'ultimo sangue con Solid. Il perchè non è chiaro: egli non è in cerca di vendetta, sembra piuttosto che insegui solo un gusto personale, per trovare pace, accettando di buon grado anche un'eventuale sconfitta. Snake riesce a vincere un duro scontro a mani nude scoprendo alla fine l’identità del Ninja. Egli non è altro che il suo vecchio amico Gray Fox, morto a Zanzibar Land 6 anni prima proprio per mano sua, in un contesto nel quale i due erano purtroppo nemici anziché compagni. Naomi spiega che Fox è stato riportato in vita dalla dottoressa Clark mettendolo nel prototipo di un esoscheletro. Alla fine Gray Fox si sente di nuovo male e fugge via. Una volta tornata la calma, il dottor Emmerich spiega a Snake che il Metal Gear era stato progettato per abbattere i missili nucleari, ma il presidente Baker modificando progetti ha trasformato lo stesso REX in un’arma di distruzione di massa. Per evitare che la sua creazione uccida la gente, il dottor Emmerich, soprannominato Otacon, decide di aiutare Snake via codec e gli rivela dove si trova il Metal Gear. Snake contatta Meryl, ma quest’ultima viene scoperta da delle guardie e la comunicazione si interrompe.

Snake raggiunge il primo piano interrato trovando Meryl nel bagno delle donne. La donna è totalmente ignara dell'esistenza delle tre schede chiave e gli consegna l’unica in suo possesso. I due vanno verso la stanza del comandante, ma una volta all’interno Meryl punta la pistola contro Snake: è sotto il controllo di Psycho Mantis, il soldato sensitivo di FOXHOUND. Solid mette KO la ragazza e inizia un combattimento contro il telepate. il quale viene sconfitto. Prima di morire, però, offre il suo aiuto aprendo il passaggio che porta alla torre di comunicazione. Poco dopo, a pochi passi dalla torre, Meryl viene colpita dalla mortale tiratrice scelta Sniper Wolf. Snake è costretto a tornare alla rimessa dei carri dove, secondo Otacon, c’è un fucile di precisione.

Dopo aver preso il fucile ed essere tornato alla torre, Snake risponde al fuoco di Wolf. La donna sembra essere stata sconfitta, ma di Meryl non c’è traccia. Poco dopo arrivano delle guardie che, insieme a Wolf, catturano Snake e lo portano nella sala torture nella rimessa dei carri. Quando Snake riprende i sensi, si ritrova legato e fa la conoscenza del capo dei Sons of Big Boss, Liquid Snake. Quest'ultimo viene informato da Raven che il governo ha rifiutato di accettare le loro richieste, quindi il lancio avverrà allo scadere delle ventiquattro ore. Ocelot viene lasciato solo con Snake e inizia a torturarlo, avvertendolo che se vuole può arrendersi, ma a spese della vita di Meryl. Dopo la tortura Snake viene messo in una cella assieme al cadavere del direttore della DARPA, il quale anche se è morto da poche ore, è già in decomposizione. Con l’aiuto di Otacon, Snake riesce a fuggire e a recuperare l’equipaggiamento, anche se Ocelot gli ha sottratto il disco ottico di Baker.

Dopo essere tornato alla torre di comunicazione Snake viene scoperto e inizia una corsa fino in cima alla torre. Arrivato sul tetto viene attaccato da un elicottero Hind-D pilotato da Liquid. Il camminamento per la seconda torre viene distrutto e Snake è costretto a calarsi giù dalla torre con una fune. Arrivato ad un altro camminamento raggiunge la seconda torre, ma le scale per scendere sono inagibili e l’ascensore è guasto. In quel momento arriva Otacon che cerca di sistemare l’ascensore, mentre Snake, avendo trovato un lancia missili Stinger, sale sul tetto della torre e abbatte l’elicottero.

Snake torna all’ascensore e raggiunge il nevaio, dove ad attenderlo c’è Wolf. Armati entrambi con fucile da cecchino, Snake riesce a sconfiggere in modo definitivo il cecchino, uccidendola.

Snake supera la fornace e scende nella base sotterranea usando un montacarichi. Intanto Master Miller lo contatta per dirgli che Naomi potrebbe essere una spia. Proseguendo Snake incontra di nuovo Raven a sbarrargli la strada, questa volta armato di mitragliatrice vulcan. Lo sciamano viene però sconfitto e prima di morire rivela a Snake che il direttore della DARPA che ha visto morire era in realtà Decoy Octopus, il maestro del travestimento. Questo spiega quindi il corpo del direttore ritrovato nella cella già in stato di decomposizione: quel cadavere apparteneva al vero Donald Adnerson morto sotto tortura per mano di Ocelot. Al termine delle sue parole, Raven viene divorato dai corvi, processo grazie al quale -stando alle sue parole- egli viene restituito alla madre terra che lo ha generato.

Master contatta di nuovo Snake e fornisce nuove prove sul fatto che Naomi possa essere una spia, tant’è che chiede al Colonnello di metterla agli arresti. Snake raggiunge il Metal Gear REX e viene contattato da Otacon che lo informa del fatto che i terroristi hanno finito di preparare l’arma. Solid raggiunge la sala di controllo dove Liquid, sopravissuto alla caduta dell’elicottero, discute con Ocelot del bersaglio del Metal Gear. Tra le altre cose Liquid spiega anche di aver chiesto al governo il vaccino di un virus chiamato FoxDie che secondo lui ha ucciso Octopus (il finto direttore della DARPA) e Baker. Snake contatta Otacon per sapere se sa come fermare il Metal Gear. Quest’ultimo spiega che la scheda in possesso di Snake per disattivare il REX è composta da una lega speciale che cambia forma in base alla temperatura, diventando così trivalente. Questa scheda può essere usata per disattivare l’arma, ma anche per attivarla in caso contrario.

Mentre Snake si occupa della mutazione termica della scheda viene contattato da Master Miller che lo informa che Naomi, prima dell’operazione, gli ha iniettato nel corpo il virus FoxDie, assieme alle iniezioni delle nanomacchine. Più tardi è Naomi a contattarlo e gli spiega che faceva parte della missione infettarlo con il FoxDie. Però in realtà è andata contro gli ordini dei capi, perchè ha mutato il virus senza permettere a nessuno di conoscere il significato e le conseguenze di queste manipolazioni; il motivo di questo comportamento da parte di Naomi sta nella sua volontà di vendetta nei riguardi di Snake per avere ucciso suo fratello Frank Jaeger, alias Gray Fox, 6 anni prima a  Zanzibar Land.

Snake inserisce anche l’ultima forma della scheda, ma il Metal Gear si attiva, anziché disattivarsi. A questo punto Master Miller lo contatta e confessa di essere in realtà Liquid: il vero Master Miller è stato assassinato nella sua casa in Alaska. Liquid rivela inoltre che loro, i terroristi, non erano riusciti ad ottenere il codice del direttore della DARPA, poiché Ocelot lo aveva ucciso durante la tortura. Mantis, per riparare al danno di Ocelot, aveva pianificato di usare Octopus per ottenere informazioni da Snake e alla fine sfruttarlo per inserire la scheda in modo da attivare l’arma.

Snake insegue Liquid. Quest’ultimo gli spiega che il governo ha ordinato a Naomi di iniettare il virus FoxDie a Snake in modo che infettasse tutti i terroristi e li uccidesse, riconoscendo in modo specifico le loro sequenze di DNA. In questo modo avrebbero poi recuperato il Metal Gear e i corpi dei Soldati Genomici. Spiega anche che loro due sono gemelli nati dal progetto Les Enfants Terribles. Questo progetto è servito a creare due cloni di Big Boss, vale a dire Solid e Liquid Snake. Liquid sale a bordo del Metal Gear e lo mette in funzione. Snake è costretto a scontrarsi con la micidiale arma. Durante il combattimento arriva in soccorso Fox rivelando di essere Gola Profonda e confessa a Snake di avere ucciso i genitori di Naomi quando era ancora una bambina. Non essendo riuscito a suo tempo a uccidere anche lei, decise di portarla via con sé, prendendosene cura. Il Cyborg riesce a distruggere il Radom del REX costringendo Liquid ad aprire l’abitacolo, ma purtroppo viene schiacciato da una delle gambe del carro armato bipede. Alla fine Snake riesce a distruggere il Metal Gear, ma perde i sensi a causa dell’esplosione dell’arma.

Snake si risveglia sulla testa del REX con le mani legate e di fronte a Liquid, sopravissuto all’esplosione. Liquid spiega che vuole un mondo in guerra perenne dove persone come lui avranno sempre un posto. Spiega anche che inizialmente i cloni di Big Boss erano otto, ma gli altri sei sono stati soppressi per permettere la nascita di lui e Snake, poi a Liquid sono stati dati tutti i geni recessivi del padre in modo che il gemello avesse quelli dominanti. Anche i Soldati Genomici posseggono tratti del DNA di Big Boss che è stato trasferito tramite terapia genica, ma un effetto collaterale porterà loro alla morte e questo accadrà anche a Snake e Liquid. E’ questo il motivo per cui Liquid ha chiesto al governo il corpo di Big Boss e un miliardo di dollari che poi avrebbe usato per trovare una cura.

In quel momento Snake contatta il Colonnello e scopre che il segretario della difesa ha ordinato di bombardare la base. Campbell rivela che Meryl era stata mandata a Shadow Moses in modo che lui potesse essere manovrato dal governo. Liquid libera Snake e attiva una bomba a tempo, accanto ad essa c’è Meryl ancora in vita. I due cloni combattono a mani nude, ma Snake riesce a vincere mentre Liquid cade dalla testa del REX.

Purtroppo non è ancora finita. Snake, dopo aver salvato Meryl, viene contattato da Otacon. Snake gli spiega che la base sta per essere bombardata. Lo scienziato decide di occuparsi dei sistemi di sicurezza per permettere a Snake e Meryl di salvarsi, anche se questo dovesse significare eventualmente sacrificare la propria vita. Meryl prende una Jip e Snake sale sul retro dove è montata una mitragliatrice che usa per eliminare i soldati lungo la via. Durante la fuga vengono inseguiti da un'altra Jip guidata da Liquid, che ancora una volta è sopravvissuto. Le due Jip si schiantano e si ribaltano. Snake e Meryl sono indenni e anche Liquid sembra ancora in sesto nonostante tutti i traumi fisici subiti. Alla fine, però, Liquid cade a terra, ucciso dal FoxDie: siccome i due hanno praticamente lo stesso DNA, questo significa che anche Snake morirà. Campbell contatta Solid e gli spiega che è riuscito a fermare il bombardamento. Successivamente Naomi si aggiunge alla comunicazione e Snake chiede quando toccherà a lui morire per via del FoxDie, visto che è la sola a sapere com'è stato mutato il virus. Naomi gli dice semplicemente che tutti prima o poi muoiono e che Snake deve preoccuparsi solamente di vivere e che dipende solamente da lui come sfruttare il tempo che gli resta. Snake e Meryl prendono una motoslitta e lasciano l’isola, decidendo di iniziare una nuova vita.      

Dopo gli eventi di Shadow Moses Ocelot contatta il Presidente degli Stati Uniti riferendogli che Liquid è stato sconfitto dal fratello anche se era lui in realtà a possedere i geni dominanti. Si viene così a scoprire che il Presidente è in realtà il terzo clone: Solidus Snake.

FINALE ALTERNATIVO

Snake non riesce a salvare Meryl e fugge con Otacon che ha gia disattivato i sistemi di sicurezza. Dopo la morte di Liquid, Snake informa il Colonnello della morte di Meryl. Quest’ultimo rivela che Meryl in realtà era sua figlia.

Snake e Otacon prendono una motoslitta e fuggono dalla base.

FINE