Ex comandante della FOXHOUND e leader militare di Outer Heaven e Zanzibarland. Il suo vecchio nome in codice nell'unita FOX era Naked Snake.

 

Vero nome: John.

 

Neglio anni '50 combatte nella Guerra di Corea. Ammira The Boss e la considera una guida. Insieme sviluppano il CQC. Nel 1954 viene esposto a radiazioni per via del test della bomba a idrogeno fatta esplodere sull'Atollo di Bikini.

Il 24 agosto 1964, nei panni di Naked Snake, prende parte alla prima missione di combattimento della FOX, la Missione Virtuosa. Si infiltra in Tselinoyarsk, allora parte dell'Unione Sovietica, Con un lanchio HALO. Cerca di liberare Sokolov, ma The Boss, che fino ad allora fornì supporto alla missione, passa all'URSS e la missione fallisce. Gravemente ferito, deve fare ritorno negli Stati Uniti usando il Sistema di recupero Fulton.

Il 30 agosto 1964, quando la sopravvivenza dell'intera FOX è in forse, viene lanciata l'Operazione Snake Eater e a Nake Snake viene chiesto di eliminare The Boss. Si infiltra quindi nuovamente in territorio sovietico lanciandosi ad alta quota, questa volta con l'ausilio di un drone supersonico. Perde l'occhio destro, ma porta comunque a termine la missione e il Presidente degli USA gli conferisce il titolo di "Big Boss", superiore a quello della stessa The Boss.

 

Nel 1970 Big Boss lascia la FOX e immediatamente dopo viene rapito dalla sua vecchia unità e portato sulla penisola di San Hieronymo. Qui viene incercerato ma evade con l'aiuto di un altro prigioniero, Roy Campell. In seguito Big Boss rimane invishiato nel tentativo da parte del comandante della FOX Gene di rubare il Metal Gear dalla penisola di San Hieronymo. Sconfigge Gene e il "Soldato perfetto" Null e distrugge il Metal Gear RAXA e l'ICBMG. Al ritorno riceve un accoglienza da eroe.

 

Per il progetto Les Enfants Terribles, nel 1972 fornisce a i Patriots i propri geni, dai quali vengono creati tre cloni. Tuttavia, Big Boss rimane allibito dal modo in cui i suoi geni vengono usati e rompe con i Patriots. Diventa così un soldato solitario, in perenne movimento da un Paese all'altro.

In Vietnam si unisce a una LRRP (Pattuglia di ricognizione a lungo raggio) e combatto al fianco del SOG (Gruppo Operazioni Speciali), i Berretti Verdi e Wild Geese. In seguito diventa mercenario e prende aprte a numerosi conflitti etnici e territoriali in tutto il mondo.Conquista una fama leggendaria, fino al punto di diventare anche una piccola celebrità nei media. Successivamente lavora come istruttora di combattimento e cerca di reintegrare nella società gli ex bambini soldato. Big Boss si ritrova in azione anche con Frank Jaeger, il soldato chiamato precedentemente Null. Riporta Frank e la sorellastra Naomi negli Stati Uniti, aiutandoli a rifarsi una vita normale.

 

Negli Anni '90 Big Boss rientra nelle file dell'esercito USA come comandante della nuova unità FOXHOUND delle forze speciali.

 

Nel 1995 la rivolta di Outer Heaven spinge la FOXHOUND a lanciare l'Operazione Intrude N313. Dopo aver perso contatto con Gray Fox, il primo agente inviato ad Outer Heaven, Big Boss manza in azione una nuova recluta, Solid Snake, ordinandogli di liberare Gray Fox e distruggere il Metal Gear.

Queste azioni smascherano però Big Boss come la mente dietro Outer Heaven. Di conseguenza cerca di far fuori personalmente Solid Snake, ma non vi riesce e viene sconfitto.

 

Big Boss forma la propria compagnia di mercenari di Outer Heaven nello sforzo di creare un mondo dove i guerrieri possano davvero realizzarsi. Raccoglie attorno a sè mercenari da tutto il mondo che condividono la sua visione. Anche dopo la sua sconfitta, molti desiderano il suo ritorno e Big Boss riesce a sopravvivere grazie al Progetto Snatcher.

Nel 1999 i disordini di Zanzibarland portano al lanzio dell'Operazione Intrude F014. Roy Campbell, che ha assunto il comando della FOXHOUND da Big Boss, manda Solid Snake in azione.

Il capo militare di Zanzibarland non è altri che Big Boss, più vivo e vegeto che mai. Solid Snake e Big Boss si affrontano nuovamente in battaglia. Stavolta l'intero corpo di Big Boss viene incenerito, con esito apparentemente fatale.

 

Ma Big Boss non à ancora del tutto morto. I Patriots hanno usato nanomacchine per conservarne criogenicamente il corpo in segreto, come un biomorto. Il codice genetico di Big Boss viene usato nel sistema di riconoscimento ID Sons of the Patriots come chiave per il controllo dei Patriots sull'intero pianeta. Liquid Ocelot, EVA (Big Mama) e Naomi Hunter hanno tuttavia ideato un piano, BIGBOSSALIVE, per riportare Big Boss in vita. Dopo averlo fatto, Big Boss ritrova il proprio clone Solid Snake e, infettato dal virus FOXDIE iniettatogli dai Patriots, muore.