Le missioni che seguiranno vanno sbloccate, in questo modo:

Ascoltate tutti i nastri di Chico, dovete ascoltarli integralmente, o non verranno considerati come ascoltati, dopodiché fate partire la missione extra n°029 utilizzando Snake come personaggio; invece di procedere per la missione, tornate indietro alla spiaggia e avvicinatevi al molo. Sbloccherete le missioni di caccia Monster Hunter.

Missioni n°121 e 122: MISSIONE DI CACCIA RATHALOS

Missioni particolari contro nemici particolari, presi dal gioco Monster Hunter. Il primo da affrontare è questo drago: sarà spalleggiato da 4 velociraptor che avranno il compito di disturbarvi. Narcotizzateli o uccideteli per non trovarveli tra i piedi al momento di ricaricare. Il Rathalos vi attaccherà con palle di fuoco, cariche fisiche e voli radenti, oltre ad usare il suo grido per farvi scendere la psiche. Saltuariamente si metterà a volare per periodi prolungati, approfittatene per ricaricarvi di energia e munizioni qualora ne abbiate bisogno. Nella missione 122 subirà un lieve potenziamento.

Missioni n°123 e 124: MISSIONE DI CACCIA TIGREX

Stessa zona del Rathalos, stesse modalità. Il Tigrex però non vola, ed al posto della palla infuocata ci saranno tre rocce, le cariche fisiche saranno più frequenti. Nella  124 anche lui verrà lievemente potenziato.

Missioni n°125 e 126: MISSIONE DI CACCIA GEAR REX

Il Gear Rex è potente, molto più dei due precedenti, che potrete considerare un riscaldamento. I suoi attacchi sono i seguenti: la carica fisica, un colpo di coda nel caso vi avvicinaste troppo, una specie di raggio laser che userà sia a corta che a lunga distanza e il grido che fa scendere la psiche. Quest’ultimo verrà potenziato dalle scaglie che ogni tanto lancerà in giro per il campo, se vi trovate vicino ad una scaglia quando userà il grido, ne subirete gli effetti; le scaglie verranno distrutte una volta che vengono investite dal grido.

Missione n°127 GEAR REX: SCONTRO NELLA BASE DEL CRATERE

Un Gear Rex è stato avvistato nella base dove si trovava il Pupa, sarà vostro compito andare in zona e batterlo. Verrà potenziato, non avrà attacchi aggiuntivi, infine non ci saranno più i velociraptor a farci perdere tempo.

Missione n°128 IL RITORNO DEL GEAR REX

Un Gear Rex attaccherà la Mother Base, quindi significa che lo scontro si svolgerà nello stesso luogo della battaglia contro lo ZEKE. Nessun nuovo attacco e nessun velociraptor, però verrà enormemente potenziato, tanto che in alcuni momenti sembrerà una battaglia impossibile da vincere; abbiate pazienza e sfruttate le risorse della Mother Base, ossia rifornimenti e missili, che forniranno danni extra.