CONFIDENTIAL LEGACY

Dopo gli eventi dell'incidente di Shadow Moses, Snake si ritira da FOXHOUND, mentre il Colonello Campbell acquisisce un lavoro presso l'Agenzia di Intelligence Difensiva. Campbell visita Snake a casa sua e gli racconta che Sergei Gurlukovich, il capo dei Mercenari di Gurlukovich, ha attaccato un gruppo di Marines, dirottando la loro petroliera, i quali erano in una missione segreta nella repubblica sud-americana di Eldera. Campbell rivela inoltre che esiste la possibilità che sia coinvolta un'arma di tipo Metal Gear. Eldera era una in una perpetua guerra civile dal 1980, e sia Campbell che Snake sottolineano il fatto che non sarebbe una sorpresa se una delle due fazioni avesse voluto impossessarsi della propria versione di Metal Gear, giacché Revolver Ocelot aveva venduto i progetti del Metal Gear REX nel mercato nero, dopo Shadow Moses. A quanto pare, i Marines sono stati mandati dal governo per impossessarsi del Metal Gear e i Mercenari di Gurlukovich erano lì per rubarlo. Snake rifiuta la missione del Colonnello, sapendo cha Campbell che interessato alla faccenda solo in virtù del fatto che vuole vendetta contro Gurlukovich, per un rancore che risale alla Guerra Fredda. Campbell non nega tutto questo, però racconta a Snake un altro punto della faccenda: Meryl era coinvolta nella vicenda. che era misteriosamente scomparsa da casa di Snake da ormai 6 mesi. Snake si sente così obbligato a partecipare alla missione, mentre pensa a Meryl, che scomparì misteriosamente da casa sua sei mesi fa, dicendo solamente "Ho qualcosa di cui occuparmi"...

I finali possibili sono due, dipendenti dal fatto che si uccida o meno Meryl (l'alternativa è neutralizzarla con l'M9).