BIG SHELL EVIL

Otacon chiede a Snake un favore: soccorrere la sua sorellastra che non vede da tanto tempo, Emma Emmerich. Otacon spiega che ha socperto che Emma stava lavorando come programmatrice per l'impianto di decontaminazione marina Big Shell. Tuttavia ci sono state una serie di morti accidentali e hanno cominciato a circolare strane voci che la Big Shell fosse posseduta dai fantasmi o che un serial killer fosse libero nella struttura, da qui la preoccupazione di Otacon per l'incolumità di Emma. Dopo essere stato quasi obbligato, Snake accetta di aiutare il suo amico Otacon e si infiltra sulla Big Shell...

In questo episodio ci sono due finali alternativi. Il discrimine sta nel momento in cui dobbiamo proteggere Emma dai terroristi nella Strut E, e dipende dal fatto che Emma venga ferita o rimanga incolume.