La Dr.ssa Strangelove prende Snake a bordo di un camion e lo porta davanti al Peace Walker che sta calcolando la traiettoria balistica; Snake provoca abbastanza danni da far abortire il lancio e far entrare il Peace Walker in modalità autodifesa. Dopo una battaglia interminabile succede l'impensabile: il Peace Walker cede di schianto sotto i colpi, ma la trasmissione dei dati continua.  Nella maniera più veloce, Huey e Strangelove dicono a Snake di distruggere il pod che ospita l'IA di The Boss per interrompere la trasmissione aggiungendo che, vista la natura del Peace Walker, le armi a disposizione di Snake sono assolutamente inutili, e che servirebbe una bomba nucleare per penetrare quella corazza. Nel frattempo al Pentagono si raggiunge lo stato di Defcon 2, ed un comitato d'emergenza delle più alte cariche discute sulla rappresaglia che, contro ogni pronostico, verrà confermata da esseri umani. Ad Huey viene l'idea d'affondare il Peace Walker nel lago vicino la base, poiché le crepe nella struttura del Peace Walker farebbero arrivare l'acqua ai componenti elettronici, friggendo l'IA; tuttavia è impossibile per loro spostare un carro da 500 tonnellate. Snake quindi dice ad Huey di passargli il comitato d'emergenza al telefono: facendosi riconoscere come Big Boss, cerca di convincere il capo del comitato ad annullare la rappresaglia; egli però è dubbioso e chiede prove a Snake d'essere davvero Big Boss. Snake racconta quindi che se lui conosce il suo titolo, allora era nella stanza del presidente quando Lyndon Johnson glielo concesse,  dicendo che egli rifiutò di stringere la mano al direttore della CIA dell'epoca perché Big Boss sapeva dove apparteneva la sua lealtà. Il capo del comitato, che ricorda quel momento, ordina di cancellare l'attacco. Gli altri sono dubbiosi, ma egli afferma che all'epoca era il capo di stato maggiore dell'esercito, e che era presente in quella stanza in quel momento, proprio di fianco al capo della CIA. Uno dei membri del comitato continua a rifiutarsi di fermarsi, puntando una pistola al capo del comitato. Nel frattempo il pod IA si apre, Snake non perde tempo e si fionda dentro, cercando di distruggerlo dall'interno. Rimuove tutte le schede per fermare la trasmissione, inutilmente; Snake quindi si riarma e prova a disintegrare pezzo per pezzo il Peace Walker. Nel frattempo il pod rettile prende il sopravvento sull'IA di The Boss, eseguendo l'ultimo ordine in memoria, il sacrificio per la missione. Il Peace Walker quindi si dirige nelle profondità del lago, vedendo così i suoi circuiti elettronici bruciati e la trasmissione fermata. Sullo schermo del NORAD le traiettorie dei presunti missili russi spariscono all'improvviso; Huey dice quindi che, a volte, un cervello danneggiato si riprende nel tempo quando le funzioni del lobo danneggiato vengono prese in carica dalle altre porzioni, affermando infine che l'aggiunta del pod rettile è stata la chiave per rendere tutto ciò possibile. L'innocenza di The Boss viene quindi provata, e Snake getta nel lago la bandana che apparteneva alla sua mentore. Alcune ore dopo l'evento, Kaz raggiunge Snake alla base americana per riportarlo a casa; Snake dice a Kaz d'essere estremamente arrabbiato per la scelta di The Boss di arrendersi per compiere la sua ultima missione e rinnegare la sua vita vissuta fino a quel momento, incluso Snake. Egli quindi dice a Kaz di chiamarlo, da quel momento in poi, “Big Boss”.
Sulla via del ritorno alla Mother Base, Huey chiama Big Boss dicendo che la struttura del loro Metal Gear ZEKE è stata completata e che, grazie al fatto che Strangelove si unirà a loro potrà essere installata un'IA, rendendolo funzionante. Kaz quindi dice a Big Boss che recupereranno la testata nucleare del Peace Walker per proteggersi da eventuali pensieri distruttivi da parte delle nazioni mondiali, che ora sapranno sicuramente dell'esistenza degli MSF come una potente forza militare.

Dopo alcuni giorni, Zadornov scappa di prigione ma Big Boss lo intercetta, uccidendolo, dicendo a Kaz di cercare un complice infiltrato nella base, ma nello stesso momento lo ZEKE s'attiva sul ponte della Mother Base. Al suo interno c'è Paz. La fuga di Zadornov era un diversivo per permettere a Paz di modificare lo ZEKE, isolarne i comandi dalla sala di controllo e rubarlo. Paz afferma però di stare solo riportando al creatore dello ZEKE, un certo Cipher, lo stesso ZEKE: essa quindi inizia un racconto, in cui dice che c'erano una volta due giovani persone che idolatravano un’eroina di nome The Boss, ma un giorno persero il loro punto d'origine, il Cipher. Entrambi quindi vollero realizzare la volontà di The Boss, avendo però visioni differenti; a causa di ciò, da uno zero, si separarono, e Big Boss è sulla strada sbagliata da allora. Egli potrà sopravvivere solo se si piegherà a Cipher, il cui piano è sfruttare nell'ombra l'avvento della tecnologia elettronica per unire il mondo sotto una singola corrente di volontà; Big Boss sarà il deterrente per Cipher fino a quando questo piano non verrà completato. Se Big Boss decidesse di rifiutarsi, Paz lancerebbe la bomba nucleare sulla costa est degli Stati Uniti per dimostrare che un gruppo di soldati come quello degli MSF è un pericolo. Sfruttando le armi fisse della Mother Base, come missili antiaerei e cannoni di navi da guerra su postazioni, e continui supporti da parte delle truppe, il Metal Gear ZEKE crolla sotto i colpi di Big Boss. Paz, seccata, dice a Big Boss che fin quando lui ed il suo gruppo esisteranno la pace sarà solo un'illusione e che, quando verrà il momento, tutti loro verranno eliminati come un cancro dalla società. L'abitacolo dello ZEKE esplode e Paz finisce in mare.

Dopo alcune ore ed alcune analisi, Strangelove dice ad Huey che l'IA danneggiata dello Zeke può essere recuperata con un po' di tempo. Sul ponte di una delle piattaforme, nel frattempo, Big Boss si incontra con Kaz: egli ha scoperto che Cipher è un codice, che significa "Zero". Dice inoltre a Big Boss che lui sapeva chi erano Zadornov e Paz fin dall'inizio, e che Paz lavorava per la CIA, il KGB e ovviamente per questo Cipher; spiega inoltre che senza di loro gli MSF non sarebbero diventati ciò che sono, e che il nuovo business di mercenari che hanno creato sarà il punto di riferimento dopo la Guerra Fredda per quanto riguarda l'economia. Big Boss ferma Kaz dal parlare: non sarà facile sopravvivere dopo ciò che è successo e tutto il mondo darà loro la caccia, perché hanno interferito negli affari internazionali, distruggendo l'equilibrio militare nel mondo, diventando la crepa del vecchio ordine, il punto di rottura con cui esso crollerà. Kaz si chiede chi combatteranno d'ora in avanti, e Big Boss gli risponde che combatteranno chiunque tenti di ricreare il vecchio equilibrio e spazzare loro via, e che il più grande nemico che affronteranno sarà il tempo. Dieci anni prima, il tempo ha distrutto The Boss, ora sono loro sotto esame; sarà una guerra che combatteranno da soli, senza vincitori né vinti, senza bene e male, con un unico obiettivo: sopravvivere fino al 21° secolo. Tutto il mondo è sul piede di guerra contro gli MSF, e Big boss dice quindi a Kaz di radunare gli uomini: in un discorso ai suoi, Big Boss li esorta ad abbandonare tutto, compresi filosofia, governi, Paesi: il loro scopo sarà definito dal tempo in cui si troveranno, e loro si adatteranno a fare ciò che le epoche chiedono, diventando qualsiasi cosa sia richiesta. Andranno dove sarà richiesto, e combatteranno per loro stessi;  forse tutti saranno spediti all'inferno, ma per loro non esiste posto migliore: sarà il loro inferno ed il loro paradiso, il loro Outer Heaven.

FINE